Các tình huống/đối tượng cụ thể thường dùng nhuộm PAS:
- Bệnh dự trữ Glycogen: Sinh thiết gan, cơ, thận để tìm sự tích tụ glycogen dư thừa (ví dụ: bệnh von Gierke).
- Bệnh lý Màng đáy: Phát hiện các rối loạn màng đáy trong bệnh thận (bệnh cầu thận) hoặc đánh giá màng đáy trong các bệnh lý khác.
- Khối u: Phát hiện các khối u chứa glycogen (tuyến tụy, phổi, bàng quang) hoặc giúp phân loại u.
- Nhiễm nấm: Phát hiện sợi nấm (như Candida) trong các mô da, niêm mạc khi nghi ngờ nhiễm nấm mà H&E không rõ.
- Các loại mô: Đại tràng, dạ dày, gan, thực quản, da... cho kết quả nhuộm PAS tốt nhất.
- Nhuộm đặc biệt: Khi kết quả H&E không rõ ràng, cần nhuộm PAS để làm sáng tỏ chẩn đoán, hoặc làm tiêu bản chứng để xác định glycogen (dùng Diastase).